A CET-Santos é administrada por uma diretoria executiva formada pelo diretor-presidente e mais quatro diretores de departamentos: Administrativo/Financeiro, Operações, Transportes Públicos e de Planejamento e Projetos.
| Estrutura Organizacional (a partir de Abril/2025) | ||
| Conselho Fiscal | ||
| Conselho de Administração | ||
| Auditoria Interna | ||
| PRESIDÊNCIA | ||
| ADP | Assessoria da Presidência | |
| Gestão de Riscos e Controle Interno | ||
| Gabinete | ||
| DIRETORIA ADMINISTRATIVA E FINANCEIRA (DAF) | ||
| AAF | Assessoria Administrativa e Financeira | |
| GEAD | Gerência Administrativa | |
| UACID | Unidade de Atendimento ao Cidadão | |
| UREHU | Unidade de Recursos Humanos | |
| UAPRO | Unidade de Análise e Processamento de Infrações | |
| GEAJ | Gerência de Assuntos Jurídicos | |
| UAJUR | Unidade de Assuntos Jurídicos | |
| UNCOB | Unidade de Cobrança | |
| GEFI | Gerência Financeira | |
| UCOFI | Unidade de Contabilidade e Finanças | |
| GEMS | Gerência de Manutenção e Serviços | |
| UMINF | Unidade de Manutenção e Infraestrutura | |
| USERG | Unidade de Serviços Gerais | |
| GPMT | Gerência de Pesquisa, Mobilidade, Inovação e Tecnologia | |
| UINFO | Unidade de Informática | |
| GESA | Gerência de Suprimentos e Almoxarifado | |
| UNLIC | Unidade de Licitações | |
| UCOAL | Unidade de Compras e Almoxarifado | |
| DIRETORIA DE PLANEJAMENTO E PROJETOS (DPP) | ||
| APP | Assessoria de Planejamento e Projetos | |
| GCED | Gerência de Comunicação e Educação para o Trânsito | |
| GEPP | Gerência de Planejamento e Projetos | |
| UEIMU | Unidade de Estudo e Indicadores de Mobilidade Urbana | |
| UPVIA | Unidade de Projetos Viários | |
| GSIV | Gerência de Sinalização Viária | |
| USHOV | Unidade de Sinalização Horizontal e Vertical | |
| DIRETORIA DE OPERAÇÕES (DOP) | ||
| AOP | Assessoria de Operações | |
| GOPE | Gerência Operacional | |
| UCCOP | Unidade Central de Controle Operacional | |
| UOPER | Unidade de Operações | |
| GTSV | Gerência de Tecnologia em Sistema Viário | |
| UIMSE | Unidade de Implantação e Manutenção Semafórica | |
| UCPSE | Unidade de Controle e Planejamento Semafórico | |
| USTEC | Unidade de Suporte Tecnológico | |
| GAOP | Gerência de Apoio Operacional | |
| UADOP | Unidade Administrativa Operacional | |
| UEVOB | Unidade de Eventos e Obras | |
| GSOP | Gerência de Suporte Operacional | |
| UAPAT | Unidade de Administração do Pátio | |
| UEFRO | Unidade de Equipamentos e Frotas | |
| UBOND | Unidade de Bondes | |
| DIRETORIA DE TRANSPORTES URBANOS (DTU) | ||
| ATU | Assessoria de Transportes Urbanos | |
| GETU | Gerência de Transportes Urbanos | |
| UGCPT | Unidade de Gestão das Concessões, Controle e Planejamento de Transportes | |
| UNFTU | Unidade de Fiscalização de Transportes Urbanos | |
| Polícia Militar | ||
